Financiering van de sanering loopt via twee geldstromen. De eerste zijn de projectsubsidies via BSV. De tweede geldstroom is het Investeringsfonds Stedelijke Vernieuwing (ISV). Het Ministerie van Infrastructuur en Milieu verstrekt via het ISV middelen aan de gemeenten voor de sanering van de A-lijst woningen.

Hoe is deze verdeling tot stand gekomen?

In het verleden zijn door de gemeenten alle woningen voor de A-lijst  (alleen gevelmaatregelen mogelijk en geluidbelasting > 65 dB(A)) en de raillijst (saneringswoningen langs spoorwegen waar alleen gevelmaatregelen mogelijk zijn) gemeld. De verdeling van de (indicatieve) ISV-budgetten vindt plaats op basis van die voor de A-en Raillijst gemelde woningen. Binnen de grote vrijheid van het ISV wordt dan door gemeenten de sanering aangepakt. Afhankelijk van de gemeente krijgen ze hiervoor het geld tot nu toe rechtstreeks van het rijk of via de provincies. Deze sanering staat op grotere afstand van I&M.

Sinds 2009 maakt de Raillijst niet langer deel uit van de ISV aanpak, omdat ProRail de lijst als onderdeel van de totale sanering langs het spoor zal aanpakken. Ook de A-lijst woningen t.g.v. de rijkswegen zijn uit het ISV overgeheveld naar Rijkswaterstaat.